En el coro de la nave central se alza imponente el majestuoso órgano de tubos de la Catedral. En 1847 el Arzobispo Rafael Valentín Valdivieso encargó su fabricación a la prestigiosa Casa Flight de Londres. Su costo fue de algo mas de 3.000 libras esterlinas de 44 peñiques.
El órgano arribó al puerto de Valparaíso en diciembre de 1849, a borde del buque Shamrock en dieciocho cajas. No viajó solo, junto con él, venía un especialista que permaneció en Santiago durante seis meses para velar por su buen funcionamiento. En la Semana Santa de 1850 se tocó por primera vez.
En el lado norte del Presbiterio, junto al altar Mayor, encontramos un órgano más pequeño y de profunda belleza, construido en Calera de Tango en 1753 por los jesuitas de la expedición dirigida por Carlos Haimhaussen.
